综合考虑各地区畜禽粪便、农作物秸秆等资源量，肥料化、饲料化、原料化、基料化等竞争性利用途径，以及地域分异规律、沼气发展基础、经济水平、清洁能源需求等因素，将全国31个省（直辖市、自治区）划分为三类地区：I类地区（资源量丰富地区）；II类地区（资源量中等地区）；III类地区（资源量一般地区）。
1、I类地区
区域范围：包括黑龙江、吉林、辽宁、河北、山东、河南、安徽、江苏、湖北、湖南、四川、广西12个省（自治区）。区域特征：按照区位和地形特征不同，该类地区又分两类。
--黑龙江、吉林、辽宁、河北、山东、河南、安徽、江苏等省，是粮食主产区，同时果园、菜园和畜禽养殖双优县较集中，土地消纳沼渣沼液的能力较强，发展种养结合循环农业模式的空间较大；清洁能源需求较大，适宜发展规模化大型沼气和生物天然气。
--湖北、湖南、四川、广西等省（自治区），属于亚热带温带丘陵山区，地形地貌差异显著，大田作物分布较广，菜园、果园、茶园和畜禽养殖双优县均有分布，贫困集中连片区域对户用沼气需求大，丘陵地区适宜发展中小规模沼气工程，平原地区可发展各类沼气工程。
“十三五”发展任务：在该区域新建规模化大型沼气工程1884处，中型沼气工程4815处，小型沼气工程11000处，规模化生物天然气工程123处，总池容达到886万立方米；新建户用沼气76万户；处理畜禽粪便4551万吨、农作物秸秆588万吨，年沼气总产量32亿立方米。
2、II类地区
区域范围：包括内蒙古、山西、陕西、甘肃、江西、重庆、贵州、云南、广东、海南10个省（直辖市、自治区）。区域特征：按照区位和地形特征不同，该类地区又分三类。
--内蒙古、山西、陕西、甘肃等省（自治区），属于“镰刀弯”地区，是玉米结构调整的重点地区，也是草食动物养殖优势区，菜园、果园和畜禽养殖双优县均有分布，适宜发展以规模化沼气为纽带的循环农业模式，适度发展生物天然气工程和中小型沼气工程。
--江西、重庆、贵州、云南等省（直辖市），山区面积大，沼气原料资源分散，贫困人口多、扶贫任务重，大田作物分布较广，菜园、果园和畜禽养殖双优县较多，茶园和畜禽养殖双优区也有分布，适宜发展户用沼气和中小型沼气工程。
--广东、海南等省，属于热带亚热带地区，气候条件好，同时畜禽养殖量大，面源污染防治任务重，热带作物分布较广，菜园、果园和畜禽养殖双优县较多，发展规模化沼气需求迫切，海南部分贫困地区有发展户用沼气的需求。
“十三五”发展任务：在该区域新建规模化大型沼气工程973处，中型沼气工程4000处，小型沼气工程4450处，规模化生物天然气工程39处，总池容达到402万立方米；新建户用沼气34万户；处理畜禽粪便2226万吨、农作物秸秆219万吨，年沼气总产量14亿立方米。
3、III类地区
区域范围：包括北京、天津、上海、浙江、福建、宁夏、青海、新疆、西藏9个省（直辖市、自治区）。区域特征：按照区位和地形分异规律的区域特征不同，该类地区又分两类。
--北京、天津、上海、浙江、福建等省（直辖市），人口密集，经济条件优越，优质农产品需求大，清洁燃气需求旺盛，环保要求高，菜园、果园和畜禽养殖双优县较多，茶园和畜禽养殖双优区也有分布，适宜发展规模化沼气工程，因地制宜推广生态循环农业模式。
--宁夏、青海、新疆、西藏等省（自治区），属于生态脆弱区以及水源保护地，环保压力大，适宜推广能源环保型模式；在规模化牲畜养殖集中的牧区和绿洲农业区可适度发展菜沼畜规模化沼气工程。
“十三五”发展任务：在该区域新建规模化大型沼气工程293处，中型沼气工程1185处，小型沼气工程50处，规模化生物天然气工程10处，总池容达到101万立方米；新建户用沼气1万户；处理畜禽粪便407万吨、农作物秸秆56万吨，年沼气总产量3亿立方米。
